परंतु सेंद्रिय खतांचे फायदे आहेत. ते मातीवर कवच तयार करत नाहीत जसे की कधीकधी अजैविक खते करतात . ते जमिनीत पाण्याची हालचाल सुधारतात आणि कालांतराने मातीची रचना वाढवतात. सेंद्रिय फायदेशीर सूक्ष्मजंतूंना आहार देतात, ज्यामुळे माती काम करणे सोपे होते